A város nevének eredete nem tisztázott; talán a várost nyugatról körülvevő tónak, mocsaras vidéknek köszönheti nevét.
A településhez tartozó Sóstó mellett honfoglaló magyarok temetőjét tárták fel a régészek; a Sóstó parkerdőben látható az Árpád-kori falu jeloszlopa, mely Csák Attila szobrászművész alkotása
1492-ben a hagyomány szerint itt verte szét Kinizsi Pál a legendás, de akkor már fosztogató, szétzüllött fekete sereget.
A régészeti leletek alapján tudható, hogy az újkőkor óta lakott a település területe. Kiskunhalason és környékén a középkorban legalább 26 templom volt, a tatárjárás pusztításai után a megfogyatkozott népességű Duna-Tisza közére kunok települtek, a Csertán kun nemzetség központja lett a település. Halas nevét először 1366-ban említette oklevél. 1390-ben búcsújáróhely lett, 1439-ben említették először városként a települést.
A török időkben a krími tatárok kétszer (1566, 1596) is elpusztították Halast, bár khász városként némi mentelmet élvezett. Először a törökök telepítették újra 1569-ben, mert szükségük volt az adófizetőkre. A város lakossága időközben reformátussá lett, 1664-ben a Debreceni Református Kollégium alá tartozó iskola létesült itt. A törökök kiűzése után berendezkedő Habsburg-hatalom nemcsak a tisztán református lakosságú város egyházi ügyeit korlátozta, hanem az általa igazgatott Jászkun kerületet is.
A Habsburgok 1702-ben a Német Lovagrendnek zálogosították el a Jászkun kerületet. 1703. október 5-én a Rákóczi-szabadságharc egyik legvéresebb csatája zajlott le itt. Mintegy 234 kuruc vesztette életét: ennek emlékére 200 év múlva Magyarország első köztéri kuruc szobrát állították fel a városban.
A tanyai kirajzást elsősorban a bevándorlók kezdték meg. Ez kedvezett a kialakulóban lévő betyárvilágnak, amely a 19 század közepén, második felében élte virágkorát. 1753-ig itt volt a Kiskun kerület székhelye, a kiskun kapitányok innen irányították a kerület életét.
A dualizmus korában tovább fejlődött és változott a település gazdasági és társadalmi képe. A kapitalista gazdálkodás vált jellemzővé, bankok, nagyvállalkozások kezdték meg működésüket. Emellett a kulturális és egyesületi élet is fellendült. A 20. századra a római katolikusok váltak a legnépesebb felekezetté.
1945 után Kiskunhalas nagy kiterjedésű határában több község önállósult, ezzel területe mintegy felére csökkent. Az 1950-es megyerendezés során az újonnan alakított Bács-Kiskun megye része, egyúttal a szintén ekkor alapított Kiskunhalasi járás székhelye lett a város. Az államosítások, a földreform, a kollektivizálás megváltoztatta a város arculatát.
1956 októberében tüntetések, munkástanácsok, forradalmi bizottság létrejötte, sortűz jelezte, hogy a halasiak is elégedetlenek az addigi politikával. A forradalom és szabadságharc idején, 1956. november 1-jén itt tartottak egyedül az országban demokratikus szavazást a helyi alapszervezettel rendelkező pártok között.
Iparosítása az 1970-es évektől vált nagyobb arányúvá; a feldolgozóipar lett a helyi gazdaság legjelentősebb ágazata. A feltárt kőolaj- és földgáz lelőhelyek szintén hozzájárultak a város fejlődéséhez.
Kiskunhalas napjainkban gazdag testvér-települési hálóval büszkélkedhet, amelyhez Aizkraukle (Lettország), Hódmezővásárhely, Magyarkanizsa (Szerbia), Kronach (Németország), Nowy Sącz (Lengyelország), Sepsiszentgyörgy (Románia) tartozik. Továbbá kulturális és sportkapcsolatok terén a Vajdaságban Szabadkával és Ómoravicával, Németországban Eppstein várossal állnak baráti kapcsolatban. Kiemelkedő, tartalmas partnervárosi tevékenysége elismeréseként a város 1999-ben Európa Diplomát, 2001-ben Becsületzászlót, 2005-ben Díszplakettet vehetett át az Európa Tanácstól.
