A középkorban Bodrog folyó két partján elterülő város jelentős kereskedelemi csomópont volt mert a Lengyelország felé irányuló forgalom a városon keresztül bonyolódott le. A tatárok pusztítása után olasz telepesek érkeztek a városba 1254-től.
A város kialakulásában nagy szerepet töltött be a történelmi vára, melyet I. András építtetett. Zsigmond király Patakot szabad királyi várossá tette 1429-ben. 1460-ban Mátyás király vásárjogot, adott a városnak. 1526-ban Perényi Péter a birtokosa. I. Rákóczi György (1593-1648) nagyon kedvelte Patakot: birtokosságának idején kezdődött a híres pataki főiskola első fénykora - fiai itt jártak iskolába.
Sárospatakon számtalan iparos élt, virágzó céhekről találunk feljegyzéseket. A földművelés és a szőlőművelés sok család megélhetését biztosította. A Rákóczi-szabadságharc (1703-1711) viszontagságai nem kímélték a várost; hol a kurucok, hol a labancok birtokolták. 1708-ban itt tartották az utolsó kuruc országgyűlést. A város lakói aktív részt vállaltak az 1848–49-es forradalom és szabadságharcban is.1871-ig mezőváros volt, ekkor mivel e rang az egész országban megszűnt, nagyközséggé alakult. A 20. század elejétől 1956-ig járási székhely volt. Várossá 1968-ban nyilvánították.