1486-ban a Rozgonyiak birtokában volt, a 17. század elején a Rákócziak tulajdona lett.
1683-ban elpusztult a falu, lakói a törökök és a tatárok elől Ónodba menekültek. 1695-ben indult meg a terület újbóli benépesülése: 1696-ra már 60 újtelepes élt a területen, akik főként halászattal foglalkoztak. A területen lévő áradásveszély miatt – főként rideg tartásban – szarvasmarhát tartanak, illetve nagyon kis számban birkát. A 18. század első két évtizedében Rákóczi-, majd Aspremont-birtok, de néhány köznemesnek is volt itt kisebb zálogos birtoka. 1705-06. évi labanc-rác portyázás során ismét elpusztult a falu, lakói Borsodba menekültek. 7 évig lakatlan volt a terület, majd 1714-ben 10 jobbágycsalád visszatért Nagymihályiról és Túrkevéről. Ez a népesség református volt.
1722-ben Erdődy Gábor egri püspök megszerezte a Rákóczi-Aspremont- birtokrészt - előbb az egri, majd 1804-től a szatmári püspöké lett az egész falu.
Az 1799. évi uradalmi leltár arról számol be, hogy a területen élők a földművelés és állattenyésztés mellett halászattal is foglalkoztak.
A község pecsétje 1783-ban füzér alatt hal és ekevas, közöttük fönt virág, lent csillag, körirata: K.K.H.P (Kisköre, Heves megye Possessio).
A város életében döntő változást az itt épülő, 1975-ben átadott vízlépcső jelentett, amely gyökeresen megváltoztatta nem csak Kisköre, hanem a Közép-Tisza-vidék életét is. Kisköre a Tisza-tavi régió egyik legnagyobb, 2005-ben városi rangot is kapott települése.