Egyek területe már az őskorban is lakott volt, a belterület kiemelkedett a Tiszát kitévő felszínből és ez tette alkalmassá lakhatásra. A községről Priszkosz görög történész is jelentést tesz mint lakott helyről. Legkorábbi templomát Szent István tiszteletére építették a 12. század elején. A község a tatárjárás során elpusztult, csak a 13. században telepítették be. A település első tulajdonosai az Árpád-kori eredetű Egyek-i család. Később a falu az Ohati, a Bérczy, a Linkai és a Zelenay-családok birtoka volt. Mátyás király Budán kelt oklevelében olvasható, hogy Nagylucsei Dóczy Orbán egri püspök 1487-ben Egyek (Ethyek) faluban élő „népeinek és jobbágyainak” megszerezte a kiváltságot, hogy áruikkal háborítatlanul közlekedhetnek szerte az országban, s az egri püspök egyeki jobbágyait törvény elé vinni csak az egyeki bírákkal és esküdtekkel egyetértésben lehet. A birtokot a szerémi püspök - Dóczy István, az előbbi unokaöccse 1492-ben az egri káptalannak adományozta. Szolnok 1552. évi eleste után a törököknek adózó helynek, a szolnoki szandzsákhoz tartozónak írták össze. 1615-ben pedig a bajomi vár tartozékai között tartották számon. A török kiűzése után Egyek újra káptalani birtok lett.
A 16. század második felében a lakosság nagy része a református hitre tért, s 1621-ben már Egyek református templomát is említi forrás. Legrégebbi úrasztali (református) kelyhe 1694-ből való. 1773-ban a reformátusok rovására végrehajtott úrbéri rendelet miatt az egyekiek szétszéledtek: a legtöbben az Arad megyei Kispereg pusztán (ma Peregu Mic, Romániában) telepedtek le. A 18. század végén katolikus telepesekkel népesült be újra. A település 1876-ig Szabolcs vármegyéhez tartozott. Amikor 1876-ban megalakult Hajdú vármegye, Egyek is e vármegyéhez került.
A 19. században, az Alföld nagy folyamszabályozásainak idején, különösen a Tisza medrének kordába szorításával fejlődése újabb lendületet vett. A folyamszabályozás sok embernek munkalehetőséget nyújtott, a víz alól és az árvizektől mentesített részek pedig kitűnő minőségű, szántóföldi művelésre alkalmas területeket jelentettek.
Az első világháborúnak 229 egyeki hősi halottja volt, még ennél is nagyobb áldozatot követelt a második világháború. Az első világháború és a Tanácsköztársaság után a lakosság ismét hozzákezdett a mezőgazdálkodáshoz. A község életében jelentős esemény volt az 1947-ben megkezdődött villamosítás. A községet 1970. július 1-től nagyközséggé nyilvánították, azóta látja el az ezzel kapcsolatos feladatokat, viseli ezt a címet, 1970 és 1990 között nagyközségi tanácsként működött.