A Bodrog bal partján, az utak ellenőrzésére alkalmas helyen épült a 14. század második felében. 1451-ben Hunyadi János, majd Mátyás tulajdonába került, akik korszerű, négy saroktornyos erősséggé fejlesztették. A vár mozgalmas története során a pusztítás és a virágzás időszakait egyaránt átélte:
• Hunyadi Mátyás később Szapolyai Imrének adományozta, ezután Tokaj az egyre emelkedő család fontos központja lett. A császári csapatok később itt arattak győzelmet Szapolyai felett, melynek során a vár falait is megrongálták.
• A fenyegető török veszély miatt újabb erődítésekre volt szükség, valószínűleg ekkor épült az ún. vasalóbástya.
• Tokaj a Habsburgok egyik legfontosabb magyarországi erősségévé vált, így évtizedek alatt modern, bástyás erődítménnyé építették át. 1644-ben I. Rákóczi György foglalta el a várat: felújította a belső épületeket, új külső kaput, csapóhidat és egy Bodrog-hidat építtetett. Halála után újra császári kézbe került az erődítmény.
• A kurucok Thököly Imre vezetésével 1682-ben foglalták el a várat, de 1685-ben, Thököly bukása és elfogatása után Schultz tábornok visszavette és újra a Habsburgok kezén találjuk.
• II. Rákóczi Ferenc 1703 őszén fogott Tokaj ostromához, ám csak a folyók befagyása után indított roham bírta rá a várvédőket a megadásra. Rákóczi 1704 őszén adott parancsot a vár lerombolására, válaszul, amiért a császáriak feldúlták a sárospataki várat. Tokaj vára ezután nem épült fel újra.
